深化体制改革通过深化水利建设与管理的体制改革，逐步建立与社会主义市场经济相适应的水利建设与管理体制和良性运行机制，是实行科学民主决策，坚持依法行政的客观要求和具体体现。水利部建设与管理司当前要抓好两项改革：坚持不懈地推进水利工程管理体制改革。水管体制改革是今后一个时期水利工程管理工作的重要内容。国务院办公厅出台《水利工程管理体制改革实施意见》后，水利部建设与管理司在部党组的领导下，与有关司局密切合作，采取了一系列措施大力推进水管体制改革工作。目前，全国已有省（自治区、直辖市）出台了实施方案，“两定标准”已由水利部、财政部联合印发，有改革任务的个流域机构也陆续提出了所属工程的改革方案，并经过了水利部的初步审查。
目前，全国水管体制改革工作已经全面铺开，并逐步向纵深推进，但在改革进程中还遇到了不少问题和困难，重建轻管的思想依然存在，中西部地区的经费落实难度较大，一些地方改革的基础工作薄弱，改革的任务还十分艰巨。改革是促进水管单位良性运行健康发展的唯一出路，因此，改革过程中不管遇到多大困难，我们将一如既往、坚持不懈地将这项工作推进下去。同时，改革牵涉到万水管职工的切身利益，内容涉及方方面面，各地的情况又千差万别，因此必须因地制宜，从实际出发，积极稳妥地开展工作，不能急于求成。深化水利建设管理体制改革。多年来，特别是大洪水以后，以“三项制度”为核心的水利建设管理体制改革已在水利工程建设中全面推行，并发挥了巨大作用。