随着国有商业银行逐步上收农村地区的机构网点，农信社已发展成为我国金融体系的一支重要力量，极大地促进了农村经济商品化、市场化的发展。近几年来国家政策的调整和支持为农信社的发展提供了强有力的政策保障，但在实际工作中，对农信社特别是贫困地区的农信社来讲，国家政策的调整和支持还没有完全或真正到位，还存在一些对农信社岐视或不公平的政策，严重阻碍了农信社的发展。主要表现在以下几个方面：
（一）受农信社“模糊”地位的限制。名义上农信社是地方的合作金融集体组织，但实际上从农信社成立之日起，农业银行、人民银行就一直受国家委托行使对农信社的管理职责，改革前归人民银行管理，农业银行成立后由农业银行管理，农行在八十年代还对农信社实行“四统一、一兼顾”管理，1997年从农业银行脱钩后又归人民银行代管，其法人机构——基层农村信用社在人、财、物上早无自主权，更谈不上管理权，仅保留一个形式而已。同时在法律上没有任何规定要求地方政府承担对农信社的管理义务，在实际工作中地方政府也从未真正把农信社当作地方的金融机构来看待。因此，农信社遭遇了地位上的尴尬，看似国家的但又不是国家的，名义上是地方的但实际上又不是地方的。如此一来，农信社就没有资格享受到国家的一些优惠政策以及地方的优惠政策，剥离不良资产、财政补充资本金等没有农信社的份，地方政府给予地方企业亏损补贴、拨补企业项目资本金或开办费、减亏增盈的奖励、职工的困难救济以及各种税费的减免等也从来不惠顾到信用社，不仅如此，相当一部分农信社甚至于连正常的代理财政手续费也未能如愿。农信社这种“模糊”的地位在相当程度上限制或束缚了自己的发展。
（二）受企业开户的限制。由于农信社是一个地方的集体合作金融机构，抗风险能力低，兼之农信社资不抵债社众多，资产质量低、历史包袱沉重，内控管理相对薄弱等。因此，从中央到地方政府，从行业到一个单位都明文规定或有意识禁止某个行业或某个单位到农信社开立基本帐户，1995年9月1日人民银行下发的《关于进一步做好企事业单位基本存款帐户管理的通知》（银发[1995]247号）也作出规定“信用社不得超出规定的业务范围，为大中型国有企业和事业单位开立基本存款帐户”。地方的一些工商企业，地方政府也出面干预或禁止其到农信社开立帐户。去年农信社本身在向地方移交养老保险金时，也规定社保部门不得在农信社开户。由于受企业开户的限制，使信用社对公存款减少，在一定程度上影响了农信社的资金供应能力。同时加大资金平均成本，导致信用社经营环境恶化。
（三）受业务开办的限制。农信社不能开办票据承兑、贴现业务，央行也不对农信社办理再贴现，《中国人民银行法》第二十九条规定，人民银行不能向非银行金融机构等提供贷款，因此在前几年，央行的再贷款也不对农信社办理；住房消费贷款、汽车消费贷款、助学贷款等也不能开办，住房消费贷款只能限制在信用社内部职工办理。至于助学贷款，从另一个角度来看，无论是从农信社支持老百姓子女上学的范围，还是贷款金额，均比某个商业银行要强得多，却得不到国家的承认，更得不到国家财政的利息补贴。所有这些不公平或岐视的国家金融政策规定，形成了在老百姓心目中农信社和商业银行是“不一样”的金融机构，公众对农信社和商业银行的信任度和支持度出现了差异，特别是前几年一些地方农信社出现的支付风波，更加影响了社会公众对农信社的信任程度，极大地影响了农信社的市场发展和业务的创新。
（四）受地方行政干预的限制。一些政府部门的领导把农村信用社当作政府部门甚至扶贫机关一样来看待，工资发不出，城镇开发资金不足，一些农村基础设施工程资金不到位等，只要涉及到资金投入的问题，一律找信用社“帮忙”，除了无尝捐助外，一些政府领导为了出“政绩”，往往以各种方式命令信用社发放贷款，虽然贷与不贷由信用社决定，但在很多情况下农信社是不得而为之，这种状况农信社要比商业银行严重得多，给农信社的发展造成沉重负担。
（五）受法律保障的限制。目前，我国还没有完整意义上的合作金融法律、法规，在法律上没有明确合作金融机构的地位和权益，致使合作金融在改革和发展中处于无章可循、无法可依的状态，农信社的合法权益得不到有效保障，在一定程度上限制了农村信用社的发展。
（六）受自身管理政策的限制。农信社的发展不仅受来自外面政策因素的限制，而且还受自身管理政策的限制，一些省市规定农信社自身营业用的房地产购建、车辆购置以及一定限额以上的贷款等一律要经过省市合作管理部门的审批。农信社包括联社在招录员工方面没有自主权，甚至连自然减员补员都没有资格。影响了业务发展对人才的需求。
此外，农信社是个弱小的地方金融机构，所发放的贷款大部分是农业贷款，并带有较强的扶贫或政策性质，而农业是个弱质产业，受自然灾害影响较大，风险大，回报率低。因此，农信社经营成本大，冒风险也大。但其所承担的税赋与商业银行几乎没有任何区别，损失准备也和商业银行一样按贷款余额1%提取，而且与商业银行核销贷款本息最终挂到国家财政头上不同，农信社核销的贷款本息最终还是由自己来消化。因此农信社承受着巨大的经营压力，也给农信社的发展带来了一定的负担。