熊十力在本章开始即开宗明义，扼要地阐明了新唯识论与旧唯识论的义理分际。他先是引述历史上慈恩家的唯识观以为自已立论的起点：“唐窥基大师在他做的印度佛家《唯识论》底序里面，解释‘唯识’二字的意义云：“唯字，是驳斥的词，对执外境实有的见解而加以驳斥，因为如世间所执为那样有的意义，是不合真理的。识字，是简别的词，对彼执心是空的见解而加以简别，即是表示与一般否认心是有的这种人底见解根本不同。因为把心看作是空无的，这便是沉溺于一切都空的见解，佛家呵责为空见，这更是不合真理的。所谓唯识者，盖谓世间所计心外之境，确实是空无，但心却不可谓之空无。”57我们知道以定学为中心的一切有部每将色心诸法视为实有，而深受般若思想影响的有宗诸师则由定发慧，在证得菩提之后只以梦幻泡影观待法相。世亲的《唯识二十颂》认为平常执为客观实在的种种境相其实无非识之幻变，而《三十颂》更是将眼、耳、鼻、舌、身、意等取境之识连同末那意根一并遮拨为赖耶之幻变。由此而言，“唯识”之“识”归根结蒂仅是阿赖耶识一识而已。《三十颂》云：“初阿赖耶识，异熟一切种。不可知执受，处了常与触，作意受想思，相应唯舍受。”含藏无量诸种子的赖耶永远都在无知无识的状态下生起现行，又将现行所薰的新种收藏于种界。在意识层面种种境相的背后隐涵着本我所呈现的无相之相──依止这样的境界，遍计所执的内自我在修行的过程中逐渐转识成智，向着我法皆空的宇宙真如无限趋逼。在大乘佛教的空、有二轮之中，东方色彩浓厚的空宗较为注重纯粹的觉悟经验，而近于西方思维的有宗则更多留意自我由迷而觉的内在缘由──以个人悟性为观照依据那么赖耶不可不空，若欲探究觉悟的原因藏识又不能不有：应作如是观。在印度佛学史上，中观学派与瑜伽行派之间正是由于没有明确界定各自的论域相互攻讦，永无息诤之曰──玄奘在留学那烂陀寺的时候曾作《会宗论》以调和两家分歧，结果也无济于事。熊十力的观念型态属于典型的以妙悟神解为特征的东方思维，是故对空宗破相显性的遮诠甚为推崇而于有宗成立赖耶的深意却无所契会。他在《新唯识论》文言本的“唯识”章中指出：“夫妄执有实外境，诚为丧真，不可无遮。而取境之识，是执心故，即妄非真，云何而可不空？若以妄识，认为真心，计此不空，是认贼作子，过莫大焉。今谓妄境唯依妄识故有，而实非境，观识则了境无，于是遮境无过。妄识亦依真心故有，而实乖真，证真则了识幻，故应说识是空。”58熊氏对于窥基唯识观的破斥很象是历史上中观学派的佛护等人驳难瑜伽行派的某种余响，而在解释顿悟经验之缘起时还可以见到儒学性善论以及佛学如来藏思想的烙印。
按照这样的思路熊十力在“唯识”章中依次批驳种种妄执的谬见：上章主要破斥离心实有外境的观点，下章则继之破斥取境之识实在的观点。前面一种观点即是普通所谓实在论见地。印度小乘师坚持有心外独存底实境，主要出于两种考虑：一是应用不无计，二是极微计。
“应用不无计。此在日常生活方面，因应用事物的惯习，而计有外在的实境。……复分总别。谓或别计有瓶和盆等物是离心而实有的，此虽世俗的见解，然外小实根据于此。或总计有物质宇宙，是离心而实有的，此依世俗的见解，而锻炼较精，以为吾人日常所接触的万物，就唤做宇宙，这是客观存在的，不须靠着我人的心去识他才有的，外小都有此计。”59我们在日常生活中每视种种事物为客观实在，小乘师将生活世界的观照加以概括并推而广之，以为存在离心实有的五尘。与之不同的是大乘师只以境为识之幻变，即便安立俗谛也是出于方便行权计。熊十力较为同情大乘师的见解。他以瓶境为例比方说，看着它只是白的而没有整个的瓶，触着它只是坚的也没有整个的瓶──正是意识将坚、白等相综合为完整的瓶境。进一步的推论是日常计度为客观实在的瓶境完全依赖于眼识与身识所变现的形相以及意识的综合作用，由此可知在实际上是空无的。熊氏虚拟两种源于实在论见地的反对意见，并以其新唯识论的思想方法逐一加以批驳。
第一种意见：凭直接的感觉可以知道存在整个的瓶。看它时有个白相，触它时有个坚相，所以才能综合为完整的瓶境──若无外在实物，何能纯由心上构造？熊十力的回答是：纵使坚、白等相果属外物而非识所变现，坚白既分──眼识得白而不得坚，身识得坚而不得白──整个的瓶境又是从何而来呢？正是意识综合坚、白等相而得完整的瓶境。何况坚白等相属于外物乃是无根之谈：白相随视者之远近而变化，可知没有固定的相；坚相随触者之老少而差异，可知也没有固定的相。将高等动物与人类的生存状态作一比较即可更好地权衡这两种针锋相对的见解。我们知道高等动物永远存在于感性的直观之中，而且也和人类一样有着经验的记忆──所以成年的野兽总是较幼兽善于趋利避害。作为天生的实在论者，它们永远也不会将天敌视作心理现象或者以为是性空幻有，否则就不可能适应残酷而紧张的丛林生活。生物界生命进化的长河奔流不息，在经过五识身之后最终达于纯白之意：高等动物处于前一阶段，而作为万物之灵的人类则可同时栖居两个高低不同的势位。当纯白之意因沾染感性经验而迷失自性之时，遍计所执的内自我俨然以为自己置身森然万象之外宇宙；唯有当意识之自证分作用之时，“我”才证知自身并非外在的五识身而由内心之忆想分别所现起的种种境相其实仅是经验记忆而已。源于实在论见地的第一种意见以为凭感性直观可以断定存在整个的瓶，其依据乃是意识见分的当下印象，而这当下印象归根结蒂又来自五识的直感。坚白等相现起之时无非尚未自起分别的直感，只有意识之自证分才能通过忆想分别告诉我们白相为眼识所现起，坚相为身识所现起，而意识之见分则将二者综合为完整的瓶境──此为熊氏之驳难的学理基础。严格地说两种看法都有道理，前者依赖于意识之见分而后者则依赖于意识之自证分。
第二种意见：可以接受坚白等相乃是识所变现，但必有外境为因方得现起，否则眼识便应于不看白的时候常常自现白相而身识便应于不触坚的时候常常自现坚相，何故必待看白触坚时方现坚白之相？熊十力的回答是：对于坚白等相必有境界为因没有异议，但这为因的境绝对不是在心识之外独立存在的。境与心乃是一个整全的矛盾双方，相互对待而又彼此和同，所以能完成其全体的发展。第二种反对意见的实质是坚持在感识所现起的境相背后存在着某种类似于“物自体”的境界，境相虽识为所变现，作为其依托的境界却离识独有。熊十力则认为境与心根本没有内外之分，普通执为客观实在的物质宇宙其实只是与取境之心相互依存的矛盾一方。心对于境能当机立应，在自心上现似境相，从而使境随心转。按照他的翕辟成变的思想，凝敛而有对碍的境可以引发活动而无对碍的心与已同时现起，从而构成健行不息的生命运动中的对立两极。熊氏进而将心上所现的相区分为五识托现境而起的相以及意识纯从心上所现的相，前者相当于唯识家所谓性境，后者则相当于独影境和带质境──五识与意识对心而言只有分位的不同。他还认为五识托现境而起的相与境之本相非一非异；心上所现相不即是境的本相，所以非一；相必有现境相托，所以又与境之本相非异。后一种境相也就是意识独起思构所现的相，在熊十力看来大抵都是抽象的，虽无现境相托却必包含过去与未来所经验的同类事物的内容与通则。种种境相所以虚妄不实是因为作为其本相的纯白之意在“我”遍计所执之时即殉没境中，从而因迷失自性而无法证知自身。
“次极微计，复当勘定。印度外道，本已创说极微，至佛家小乘，关于极微的说法更多了。……凡建立极微的学者们，大概执定极微是团圆之相，而以七个极微合成一个很小的系统，叫做阿耨色。七微的分配，中间一微，四方上下各一微。 这七微是互相维系的，而又是互相疏隔的，如此成一个小的系统。无量数的极微，都是按照上述的说法，每七微合成一个小的系统。再由这许多许多小的系统，辗转合成几子，桌子等粗色，以及大地和诸星体，乃至无量世界。”60大乘师不赞成有实在的极微（构成物质型态的最小粒子），所以每以极微有无方分的提问逼难外道与小乘：若有方分应该更可剖析，而若可剖析也就不成其为实在的极微；若无方分必无对碍，那么由其构成的物体一定有如虚空一般──这又与感性经验不相吻合。小乘的婆沙师、经部师和正理师不服大的乘的驳难，仍然坚持极微与其和合色乃是感识所缘的境界，以此证立极微实在。婆沙师坚持极微皆为实法，而由其和合而成的具体的物质型态则属假有──感识只缘实法而不缘假有。经部师同样执定众多实在的极微和合成种种假有，从而为感识所缘──但在他们看来感识所知的只是和合而成的具体的物质型态，而非──极微。大乘师反驳说，如果极微真是感识所缘的境，为什么我们睁大了眼却看不见极微呢？而具体的物质型态既属极微和合的假有（虚假的存在）又如何能成为引发感识的外缘呢？在三家之中正理师的说法可说最为善巧，似乎避免了前面两家的弊病。他们以为单独的极微虽是微小难显，但因有无量数极微之资藉而将体相放大，从而得为感识所知。大乘师又反驳说，极微本身始终如一，并未由小变大，如何能和集相资，并且放大体相而为感识所缘？婆沙师与正理师皆主张极微可为感识所知，其说只是出于玄想而无实测之验证，一经大乘师之破斥即无法自圆。有人问道，外道和小乘的极微说已为科学家发现的原子、电子所印证，那么大乘师的观点是否毫无价值呢？熊氏以为不然，在他看来哲学所穷究的乃是某种高于科学发明的宇宙真谛，而科学家执为实在的万有落到哲学的范围内只能算是假名事物而已。至于科学上的定律公则也不象普通人想象的那样离心独存。而是作为种子隐涵在赖耶的识阀之下──一旦习心思虑有得即由隐而显，逐渐在意识的屏幕上显现自身。从真谛上说，境与心圆融无碍，执境为离心实在便成大过；但在实际生活中有时只能随顺世间，姑且设定存在心外之境，从而据以计度思惟。
前面破斥种种境是离心独存的观点，予人的印象似乎作者倾向肯定心之实在性──这样理解没有准确把握熊氏的本意。其实首章“明宗”已将“心”区分为本心与习心，在熊十力看来，只有空去习心也就是取境之识才能冥然证会绝待无匹的本心。依佛家的缘生之义，习心之现起需要各种因素相互藉待。作者对四种不同类型的缘──因缘、等无间缘、所缘缘和增上缘──逐一作出自己的诠释。