我国事业单位是由国家机关或者其他组织举办，向社会生产和人民生活提供公益性服务，其所创造的价值不能完全用货币表现，个别收益低于成本，由政府给予财政补助或政策性支持的非营利性的社会服务组织。它集中了国家大部分专业技术人才，承担着教育、科研、文化、卫生、体育等大量社会基础工作，在社会主义物质文明精神文明建设中起着重要作用。事业单位既不同于国家机构、党派、机关和社会团体，也不同于企业单位，它广泛服务于整个社会各个领域和很多方面。事业单位也是以脑力劳动者为主体的知识密集型阶层，它的主要劳动成果基本上是知识产品，为国家创造或改善生产条件，增进社会福利，不断满足人民社会公益需要。事业单位是因为特定的事业服务而存在的，事业服务决定着事业单位的性质和组织形式。事业单位具有服务性、公益性、非营利性、财政补助性、实体性五个特征。事业单位不代表国家行使行政权力，通常以社会公益为主要发展取向，具有社会和经济双重属性，兼顾社会和经济双重效益；一般以脑力劳动者为主，是人才知识密集程度较高的社会组织。长期以来，事业单位一直作为行政机关的附属机构，由政府按照行政机关模式直接管理，作为一种社会组织并未形成符合其自身的发展规律和运行机制。因此，已不适应建立社会主义市场经济体制发展的形势，改革已成为必然趋势。
一、事业单位财政补助现状和存在的主要问题
随着社会主义市场经济体制的逐步建立，事业单位的性质、财务管理和内外部环境已经发生了很大变化，1996年财政部颁布实施了《事业单位财务规则》，原来由财政补贴经费的事业单位依据国家政策，依法组织收入，逐步形成了在国家规定范围内多渠道筹集资金、多种形式发展事业的格局。但政府包办社会、包揽非公益事务、财政支出越位、按行政模式管理事业单位的弊端也逐步暴露出来，事业单位财政补助存在的问题集中表现在以下方面：
1．财政负担沉重。一是事业编制管理缺乏长远规划和法制约束，形成了“不封口”的状况，多次机构改革，行政编制虽然减少了，改为或压到事业编制中，但财政照常拨付经费，财政供养人员继续大幅度增长，进一步加剧了“吃饭财政”的困难状况。二是一些事业单位行使部分行政事务管理职能，虽然不是行政编制，但是能参照公务员办法管理，实行机关工资待遇，这就是所谓政事合一。三是政府主管部门掌握事业单位人、财、物等内部事务管理权，直接管理事业单位，组织事业服务。政事职责不分，社会化程度不高，财政补助居高不下。
2．资金效率低下。目前事业单位经费是根据实有人数计算的，有多少人头拨多少经费。这种财政补助拨款形式使事业单位在自身发展上缺乏有力的经济约束，在就业、大中专毕业生分配、军转干部和机关富余人员安置困难的情况下，事业单位作为就业安置的主渠道，不管事业服务需要与否，每年仍有几十万大学生、军转干部和机关富余人员进入，事业单位人员恶性膨胀，财政不堪重负，人员经费比例逐年提高，真正用于发展事业方面的支出不断减少。人员增长超过实际需求，绘事业单位带来了严重的冗员问题，造成人浮于事，效率低下，浪费严重是不言而喻的。
3．财政补助效益差。我国的事业单位由各级地方政府分层主办，行政主管部门具体管理。由于涉及产权、经费渠道、人事权和干部管理，事业单位被行政主管部门视为自有，事业单位之间不存在目的为扩大规模效益的合并转移，规模不足已成为困扰事业单位发展的普遍问题。一是布局分散，浪费人力、物力、财力。二是部门之间各自为政，条块分割、重复投资、学校重复建设、专业重复设置。三是事业单位盲目发展给国家财政带来沉重负担，反过来，财政负担过重又造成事业单位经费不足。
二、改革事业单位财政补助的指导思想和原则
（一）改革事业单位财政补助的指导思想
按照社会公益性程度，结合政府机构改革和事业单位体制改革的要求，实行政事、事企分开，对原有事业单位的性质进行重新界定。剔除过时性职能，剥离政府性职能，强化服务性职能，紧紧围绕“面向社会，走向市场”的改革思路，将所有应该自立能够由市场调节的事业单位逐步推向市场，使财政补助的事业单位只占事业单位总数的极少数。
（二）改革事业单位财政补助的原则
1．社会共同需要的原则。社会共同需要是国家从事社会管理、维护社会存在、促进社会发展的基本公共需要。这种需要的满足过程与手段有：一是代表全社会共同利益和长远利益的事务；二是只有社会出面组织实施才能实现的事务；三是私人和企业一般不愿意从事或无能力从事，又是社会存在和发展必需的非盈利性事务。按照社会共同需要的原则，财政补助范围仅限定在具有社会公益型和准公益型的事业单位。对社会公益型和准公益型事业单位，要重新进行合理的分类，按非盈利性和公益程度确定财政补助范围。社会公益型事业单位，是完全由政府介入的领域或事务，具有非排他性和竞争性，不可能由市场机制配置和调节，为维护其政党发展的需要，列入财政基本保证经费供给的范围，但并不等于财政完全包下来。准公益型事业单位，是部分由政府介入的领域或事务，属于市场和政府共同配置资源的范围，具有满足社会共同需要的属性，又在一定程度上满足私人消费的需要，有可能引进市场机制，财政对其实行定额或者走向补助。经营性事业单位，所提供的产品或事业服务具有排他性和竞争性，不属于财政资金补助范围。
2．政事和事企分开的原则。目前地方事业单位情况比较复杂，有依照公务员系列管理的事业单位、行使部分政府行政职能的事业单位、社会公益型事业单位、准公益型事业单位和经营型事业单位。要本着政府与市场职能分开的原则，做到政事。事企分开。一是政事分开。要合理划分党政机关与事业单位的职责，依照公务员系列管理的事业单位和承担部分行政职能的事业单位，不符合事业单位的特征，不适应社会主义市场经济体制政事分开以及事业单位社会化的要求，应将行政管理职能原则上交归行政机关，一时难以划分开的，可以作为过渡，通过行政机关授权方式，由事业单位承担。二是事企分开。经营性事业单位，不属于财政补助范围，应进入市场。按市场配置资源的运行方式，其生存和发展空间比较大的，政府为其创造一定的外部环境，在规定时间内转体改制，不再作为事业单位管理。三是推进事业单位社会化，逐步打破事业单位的条块分割。从增强事业单位社会效益和减轻财政负担大局出发，改变事业单位设置和服务对象存在条块分割的现象。
3．综合财政预算原则。按《事业单位财务规则》的规定，针对不同类型事业单位实际情况，确定财政补助程度，划分为财政基本保证经费、定额或者定项补助的形式。要在认真分析各类型事业单位的不同性质和业务特点，以及研究其收入来源构成和稳定程度的基础上，实行综合预算管理和决算审计制度。
4．调整结构和优化布局的原则。按照优化资源配置的要求，从整体上对事业单位进行结构调整、优化布局，保留职能独立、业务不能兼容的单位；撤销和归并职能或性质相同或相近的单位；转体改制不适宜事业单位管理的经营项目和不属于事业单位性质的所属单位。
5．市场与政府相结合的原则。对每类事业单位必须按照市场经济的要求，重新予以定性和定位。按照凡是应该由政府举办的事业，要重点保证；凡是不体现政府职能或社会公共利益的事业，都应推向市场；凡是市场能够解决的事情政府就不介入。事业单位财政补助范围可划分若干种情况区别对待：一是对由国家兴办的完全社会公益性、福利性事业单位，在合理布局、调整结构，定岗、定员、定编的基础上，财政按维持其正常发展的需要给予补助，以促进事业发展和社会进步。二是对国家兴办的收入比较稳定，又具有较大公益性和福利性的事业单位，财政可根据国家事业发展计划和单位收支情况给予适当补助。并制定经费自给规划，逐步缩小财政补助份额。三是对同一事业性质不同类型单位，要区别对待，制定明确的分门别类政策，便于规范运作。