自新《会计法》实施以来，各地财政部门依据法律赋予的职责权限，积极实施以保证会计信息真实。完整为重点的会计监督检查工作。《企业财务会计报告条例》、《企业会计制度》和《财政部门实施会计监督办法》（下称《监督办法》）等法规、规章相继发布，更是为加大会计监督力度提供充分的执法依据。然而，财政部门在当前执法实践中面临着若干困惑，值得人们深入探讨。
困惑之一：违法会计行为案件检举谁、立案更难？财政部门对社会举报的违法会计行为案件适用审查立案程序，对其他来源的案件则直接立案。根据《监督办法》第 38条规定，对举报材料审查内容主要是“违法事实是否清楚”、“证据是否确凿”。这种规定似不切实际，往往出现“检举难、立案更难”现象。
要求财政部门对社会检举持谨慎态度固然重要，但不能过分要求检举人事先将违法事实查个水落石出，再提供确凿的证据；何况仅凭书面审查未经检查组调查之前，哪个立案人员又能断言检举材料事清据凿。倘若真的如此，组织检查组调查取证这一程序的必要性如何，值得考虑。
严格审查的举报立案程序不仅与检查组调查程序无法衔接，与审理程序也无法衔接，因为《监督办法》第46条指出审理人员对违法事实不清、证据不充分的检查组调查材料还可以中止审理，再作补充。针对同类情况，《医疗机构监督管理行政处罚程序》、《出版管理行政处罚实施办法》等有关部门规章均规定“举报有据”或 “经审核基本属实”则应及时立案。
因此，为了有效指导会计执法实践，笔者建议可考虑删去《监督办法》第38条规定；同时鉴于《会计法》对罚款的适用均强调“可以”一词，对第39条第3项立案条件中“当事人的违法会计行为依法应当给予行政处罚。”宜修改为“当事人的违法会计行为依法应当或者可似给予行政处罚。”
困惑之二：会计监督检查中发现的一些违法会计行为能不能依法处罚？
根据《监督办法》第59条规定，评判会计行为违法与否的标准是《会计法》有关法律、会计行政法规和国家统一的会计制度，据此监督检查，财政部门可以发现大量违法会计行为。随着国家统一会计制度的构建健全，许多违法会计行为诸如或有损失事项未充分披露、不正当计提资产减值准备、未按规定健全内部稽核制度等等屡禁不止，但目前无法从《会计法》列举式罚则模式上找到行政处罚的适用依据。故国家立法今后亟待填补“有准则无罚则”之类会计法制中的缺漏。
困惑之三：同一会计行为违反不同法律、行政法规，财政部门和其他执法部门可以在各自职权范围内分别处罚吗？
由于会计信息是国家有关经济信息统计、税收、财政、审计、金融监管、证券监管等方面的基础信息。国家在有关立法中对会计行为都提出一些要求，同一会计行为触犯不同法律、行政法规的情形比较普遍。这种法条竞合的案件往往成为财政部门的执法难点。《会计法》第49条规定：“违反本法规定，同时违反其他法律规定的，由有关部门在各自职权范围内依法进行处罚。”《企业财务会计报告条例》第43条对同时违反其他法律、行政法规之情形也做出类似规定。过于简单的处理规定通常在普法时被人们注释成有关部门应各司其职，各负其责，不能互相推诿，但当执法部门对法条竟会的某些违法案件分别处罚时，又与《行政处罚法》上的“一事不再罚”原则、《会计法》第42条对“另有规定的，依照有关法律的规定办理”原则发生一定程度上的冲突。为了理顺不同执法部门之间的关系，有效惩治法条竟会的违法会计行为，笔者建议今后立法增加执法协调制度，既包括执法部门之间的双向协商机制，也包括由同级人民政府法制部门协调的管辖沟通机制。在执法实践中，应注意以下几个具体原则：