依法治税是依法治国的重要组成部分，是税收工作的灵魂。近年来，各级基层国税机关认真贯彻“依法治税，内外并举，重在治内，以内促外”的依法治税方针，切实加强组织领导，强化干部学法用法，建立健全岗责体系，加大评议考核力度，严格执法过错追究，进一步深化了行政执法责任制，规范了税收执法行为，大力推进了依法治税进程。但是，与国务院《全面推进依法行政实施纲要》的要求相比，基层国税在依法治税工作中还存在不少的热点、难点问题亟待解决，主要有：
一、税收法治观念还比较淡薄
不少基层执法单位和执法人员依法行政观念淡薄，法律优位、法律保留、权责统一、程序正当、比例原则等依法行政观念比较缺乏。有的税务执法人员头脑里“官本位”、“税老大”意识作祟，习惯于居高临下、随意执法，对法律上的约束感到不舒服，对依法治税很不情愿；有的受传统的法律是治民工具观的深刻影响，一味强调纳税人要依法纳税，却很少讲执法者也应依法征税，还有的基层国税干部认为凭经验、凭情理执法来得快、来得好，只重实体法，忽视程序法，不按法定程序办事，程序违法不算违法的思想还根深蒂固，个别甚至把执法权变成为自己谋取私利的工具。通过这几年来南充国税系统发生的案例就可以看出，基层国税机关实施行政处罚时应告知未告知、执法程序顺序颠倒、引用法律依据错误或不引用法律依据、证据提取不充分、不按规定制作法律文书等执法违法行为还在一定范围内存在。
二、依法治税的刚性还不足
虽然新征管法赋予了国税机关较多行政执法手段，例如，税款征收权、税务管理权、税务检查权、行政处罚权、税收保全措施和强制执行措施等，但在实际执法中，执法的刚性还显得不足，不少执法手段形同虚设，依法打击力度不够，处罚执行难以到位。由于程序较为繁琐，基层国税机关为避免执法风险，税收保全和强制执行措施在实际中很少得到运用，对于欠税的追缴，眼光只盯着银行帐户上有没有钱，对于征管法赋予的代位权和撤销权还很少有效运用过。
三、行政执法水平和能力还不高
一是重视合法行政，忽视合理行政。这在行政处罚中表现得较为明显。根据税收征管法等规定，税务机关具有很大的行政处罚自由裁量权。在实践中，基层国税机关在作出处罚时，通常对纳税人的违法情节、方法和手段、社会危害程度以及查处后的认识态度等行政处罚裁量情节考虑较少，错误认为只要合法，处50％罚款还是5倍罚款都一样。此外，对于自由裁量权的行使，在处罚决定书中没有说明理由，不能让纳税人信服，给人的感觉带有明显的主观成分。二是对纳税人的参与权、知情权缺乏充分尊重。就目前而言，国税机关作出有关影响纳税人权益的具体行政行为，基本上还不允许纳税人查阅有关案卷，个别税务执法人员对纳税人的核定税款、稽查补税异议不予以充分重视，或淡然视之，或轻描淡写，对纳税人的参与权、知情权缺乏充分尊重。三是回避权未能得到很好的落实。根据征管法规定，税务人员征收税款和查处税收违法案件，与纳税人、扣缴义务人或者税收违法案件有利害关系的，应当回避。就目前税收实践来看，除了稽查告知了纳税人的回避权外，对于税款征收环节还很少告知纳税人回避权，纳税人还基本上不知道可以让税款核定人员、行政复议人员回避。四是税收执法缺乏诚实守信。表现在：对纳税人的同一行为，主管国税机关和稽查部门往往意见不一，相互打架，使纳税人难以适从;对于主管国税机关先前已经认可的行为，后来却以纠正错误为名予以推翻，给纳税人出尔反尔的感觉，这种“秋后算帐”通常会给纳税人带来损失，而税务执法人员的责任却很少得到追究，从而影响了国税机关的诚信执法。例如，曾有这样一个真实案例，南充某县国税机关要对一纳税人的违法行为实施罚款行政处罚，纳税人在听证会上辨称，一年前国税机关曾对该违法行为指出过但未提出要罚款，一年后，国税机关决定对该同一违法行为实施罚款。纳税人认为，国税机关不能出尔反尔，应当讲求诚信，对先前的不处罚行为要负一定责任。五是基层执法应作为而不作为等现象普遍存在。当前基层税务分局人员较少，加之执法程序较为繁琐，取证困难，相当一部分税务干部存在畏难情绪，据调查，个别单位长达十年未采取过一项税收保全或强制执行措施，个别分局两三年内无一件行政处罚一般程序案件。
四、税收执法监督还比较乏力
一是监督过于分散，监督主体和监督责任也不够明确，存在多部门重复监督的现象。人人有权监督，结果人人走过场，对税收执法的全过程缺乏行之有效的监督，即使事后发现问题，造成损失已很难挽回。二是监督没有日常化，大多是运动式的或者被动地进行，通常半年或者一年搞一次执法监督检查，而且多是对个别环节的监督，没有形成层级监督与结构监督，更没形成监督体系，收效不大。三是监督不够深入，只注重对日常税收征管质量的微机自动监督，而对税收政策执行情况，行政复议情况，案件查处过程情况、违章处理情况、听证情况等重大执法行为及行政不作为情况缺乏深入细致的监督。四是重执法监督检查，轻查处和整改。在执法监督中发现的重大执法违法活动，检查人员往往“高抬贵手、既往不咎”，放纵违法行为，对于上次检查出的问题进行的整改情况如何不闻不问，导致了每次执法监督检查发现的大多是上一年度发现问题的简单重复，影响了执法检查绩效。五是过错追究难以严格执行到位。目前，各级基层国税机关虽然建立了执法过错责任追究、税收执法监督实施办法等制度，但在具体执行中一些基层单位负责人护短掩错，避重就轻现象较为突出。许多执法过错行为本应作出批评教育、责令作出书面检查等行政处理，但却以扣发奖金（津贴）的经济惩戒代替了事，其结果是隔靴搔痒，没有真正起到以儆效尤的作用。
五、纳税服务中介机构发育还不健全
当前，税务师事务所的从业人员主要由税务机关离退休人员、税务机关清退的协税员和解决就业的内部税务干部子女组成。不少人员没有独立的服务意识，其政策业务水平难以为纳税人提供高质量的服务，个别甚至打着国税机关的名义招揽业务，纳税人对此意见很大，已经严重影响到国税机关的良好执法形象。
六、综合执法环境还需要进一步改善
依法行政环境是税收法治工作顺利开展的基础，它在很大程度上影响着依法治税的运行状态和运行结果。南充经济落后，财政困难，有的地方政府只重视税收收入职能忽视了其他职能，给国税部门下达过重的税收任务，并将其作为对国税部门的政绩进行考核；有的地方政府为了壮大工业，改善产业结构，优化招商引资环境，干预正常的税收执法，软化了税法的刚性，对税收执法工作产生一定的消极影响。在纳税人方面，南充总体生活水平不高，普遍还处在“温饱”水平，纳税人法律意识普遍不强，纳税自觉性缺乏，对纳税有抵触情绪，税法遵从度低，偷抗税时有发生。据统计，自2005年全市开展打击涉税违法犯罪活动以来，全市共立税务行政案件和刑事案件223件，查处和抓获违法犯罪嫌疑人235人，为国家挽回税款损失3000多万元。在税务部门方面，存在重视税款征收漠视纳税人的权利的现象，为纳税人服务工作尚不到位，地区间的税负差异明显。比如“双定户”的管理上，存在的名义税负高，实际税负低，各地税负差异大，农村高于城镇，城镇高于城市，经济不发达地区高于经济发达地区的现象较为明显。在协税护税上，国税机关难以得到有关部门的积极配合，信息交换制度还不健全，银行冻结纳税人存款、扣缴税款等税收保全措施和强制执行措施也较难执行到位，这些都在一定程度上助长了涉税违法行为。