根据《增值税暂行条例》，我国增值税是指对从事销售货物或者提供加工修理修配劳务以及从事进口货物的单位和个人获得的增值额为课税对象的一种税。从理论上讲，由于增值税是以增值额为课税对象，也就是说，增值税只对销售货物或提供劳务收入中没有征过税的那部分增值额征税，对销售额中属于以前环节已征过税的那部分销售额则不再征税，从而使增值税具有有效避免重复征税的优点。此外，我国增值税税率档次少，绝大部分货物一般按一个统一的基本税率征税，这就使得绝大部分货物的税负是一样的，因此增值税具有中性税收的特征，为企业公平竞争创造了良好的外部条件。我国１９９４年对原有的增值税进行了改革，并以增值税改革为核心建立了新的流转税制格局。但由于种种原因，我国增值税改革并不彻底，现行增值税制度仍存在很多问题。
一、我国现行增值税制度存在的问题
（一）不能完全消除重复征税
首先，这是由于我国增值税属于“生产型”增值税。增值税根据扣除项目中对购进固定资产处理的不同，可分为“生产型”增值税、“收入型”增值税、“消费型” 增值税。“生产型”增值税是指在计算增值税时，不允许扣除任何外购固定资产的价款：“收入型”增值税是指在计算增值税时，对外购固定资产价款允许扣除当期计入产品价值的折旧部分：“消费型”增值税是指在计算增值税时，允许将当期购入的固定资产价款一次全部扣除。我们可以从下面的例子来看这三种类型的增值税的区别。
例：某一般纳税人１月份购入一台价值６ ０００元的机器从事生产，增值税专用发票注明税额１０２０元，该机器预计使用５年，无残值；当月该纳税人购入原料一批，价款３００００元，增值税专用发票注明税额５ １００元；当月生产销售产品６００００元（假定该纳税人５年中每月购货、销售情况不变）。
在“生产型”增值税下，该纳税人５年中每月应纳增值税＝６００００×１７％－５１００＝５ １００（元），５年累计应纳增值税＝５ １００×１２×５＝３０６ ０００（元）。
在“收入型”增值税下，该纳税人５年中每月应纳增值税＝６００００×１７％－（５１００＋６ ０００÷６０×１７％）＝５ ０８３（元），５年累计应纳增值税＝５ ０８３×１２×５＝３０４９８０（元）。
在“消费型”增值税下，该纳税人当年１月份应纳增值税＝６００００×１７％－（５１００＋１０２０）＝４０８０（元），以后每月应纳增值税＝６０ ０００×１７％－５１００＝５１００（元），５年累计应纳增值税＝４０８０＋５１００×（５×１２－１）＝３０４９８０（元）。
由上述例题可见，“收入型”增值税与“消费型”增值税最终的应纳税额是一致的，而“生产型”增值税则要多纳税１０２０元，这一部分就是购入固定资产所负担的税额。也就是说，由于“生产型”增值税在计算增值额时不能扣除外购固定资产价值，从而导致对固定资产的重复征税。而且越是投资规模大的企业，重复征税就越严重。我国采用该类型的增值税，虽然可以保证财政收入，却不利于鼓励投资，也难以划分纳税人购入的原材料哪些用于应税产品生产，哪些用于自制固定资产，造成税额计算上的困难，并导致重复征税。
此外，由于在商品流通环节同时存在增值税应税业务和营业税应税业务，而两种税在计算上各不相同，导致增值税已税货物进入营业税应税劳务的征税环节时，由于营业税以全部营业额为计税依据，使得已征增值税得不到抵扣，从而产生重复征税。
（二）税款抵扣存在问题
我国增值税的计算采取凭票抵扣进项税额的办法，即采用凭发票注明税款进行扣税来计算增值税。这种计税方法不仅科学、简便易行，而且是一种能最及时地计算应纳增值税额并允许增值税使用多档税率的方法。但我国现行增值税在税款抵扣上却存在问题。主要表现为在我国增值税征税范围上，对劳务方面仅限于加工、修理修配劳务，其他劳务服务则征营业税。虽然营业税整体税负低，可以促进第三产业的发展，但在扣税上，现行增值税的扣税凭证并不局限于增值税专用发票，对无法取得专用发票的废旧物资收购企业，以及向农业、交通运输业等未征收增值税的行业购进货物或劳务时，可以凭收购发票、普通发票和运输发票抵扣进项税额。而收购发票、普通发票、运输发票的管理远远比不上对增值税专用发票的管理，其业务的真实性很难证明（实际上有很多是虚开的），从而造成很大漏洞，税款流失严重。