抽水蓄能电站控制功能是在电站计算机上实现的。整个电站的控制分为二级，即系统级和电站级。
系统级
当电站的“远方／就地”开关设置为远方时，允许调度所以整个电站为单元进行控制。
电站级
当电站的“远方／就地”开关设置为就地时，允许电站以机组为单元就地进行控制。
在正常情况下，电站总是处于系统级控制，根椐调度所或电站设置的总有功及电站的发电裕度（旋转备用）的整定值对电站实行负荷管理，确定需要发电或抽水的机组台数和各机组的负荷分配。
一、机组的运行模式
每台机组有三种运行模式，即联合控制模式、独立模式和试验模式。
（一） 联合控制模式
在联合控制模式下，机组控制单元(LCU)按厂站计算机的指令控制机组的运行。联合控制模式的设置是建立在机组为远方控制的基础上。
（二） 独立模式
在独立模式下，该机组只响应电站操作员的键盘命令，联合控制系统无法对机组进行启停控制以及负荷的设定，但联合系统将自动地从电站的总设定值中扣除在独立模式下机组的设定值，然后进行分配。
（三） 试验模式
在试验模式下，根据机组远方／就地开关的设置，机组既可在控制室的键盘上操作，也可在就地操作员站上操作。机组的输出不受联合控制系统的控制，也不计入电站的总设定值内。
二、机组的运行工况
机组的稳定工况有：停机工况、发电工况、水泵工况、发电调相工况和水泵调相工况。
机组的稳定工况是根据电站的运行方式由联合控制系统或电站操作员选择的。
联合控制系统允许电站同时运行的稳定工况有以下几种：
发电工况──即电站的机组都运行在发电工况；或部份机组运行在发电工况，部份机组运行在发电调相工况。
水泵工况──即电站的机组都运行在水泵工况；或部份机组运行在水泵工况，部份机组运行在水泵调相工况。
调相工况──即电站的机组运行在发电调相或水泵调相工况。
联合控制系统不允许电站同时运行在发电和水泵的工况，只有机组在试验模式，同时该机组与其它运行机组（联合本模式或独立模式）不连接在同一根进水管上。在这样的条件下，允许试验模式的机组运行在与其它机组相反的工况。
三、电站的运行方式
抽水蓄能电站通常有三种运行方式：即自动方式，操作员方式和监视方式。
自动方式
在电网频率以及水库水位正常情况下，且电站设置为自动方式时，联合控制系统根据调度所或电厂设置的总功率和电压的设定值对电站中所有工作在联合方式下的机组进行负荷管理和电压管理。
操作员指导方式
操作员指导方式与自动方式功能类似，所不同的是电站只能由电厂控制，不接受调度所控制。
电压管理只能是电压调节模式。
联合控制系统中的负荷管理和电压管理系统计算出分配给每台在联合控制模式下机组的有功设定值和电压设定值。启动命令不是直接送到机组，而是显示在操作员的屏幕上供修改、确认后执行。
监视方式
在这种方式下，联合控制系统的负荷管理和电压管理功能退出运行，并跟踪机组的有功无功的设定值。一旦选择了这种模式时，所有在联合控制模式的机组都自动切换到独立模式，联合控制系统不再对机组进行控制。
电站的这三种运行方式选择只能在电站侧进行。
四、负荷管理
在自动或操作员指导方式下，联合控制系统根据电站总的负荷设定值和水库水位情况，计算并分配机组的负荷，决定机组启定并按如下公式计算分配设定值：
发电工况Pj＝Pg－∑Pi
Pj........联合控制系统总有功设定值
Pg........电站总有功设定值
Pi........运行在独立模式机组的有功设定设定值
水泵工况Nj＝Pp／X－∑Ni
Nj........联合控制系统要求水泵运行台数
Pp........电站总有功设定值
X..... ...一台水泵的耗电量
Ni.......运行在独立模式下的水泵数
按约定正的设定值为发出有功（发电工况），负的设定值为消耗有功（水泵工况）。
在发电工况下，受到水泵水轮机特性的限制，例如某些机组不允长时间运行在50％以下的负荷，因此功率调节范围受到一定的限制。
在水泵工况下，机组只能运行在满负荷状态，机组消耗的电量随水库水头的变化而变化。联合控制系统根据总的负荷设定值和预置的一台机组的耗电量计算所需的水泵运行台数。并确保水泵实际耗电量小于或等于设定值。
负荷管理模式
负荷管理有三种模式：负荷设定模式、频率调节模式和频率辅助调节模式。
频率调节模式和频率辅助调节模式只有当电站处于发电工况才有效。