柔印机由于具有联线后加工、可实现多种印刷方式结合、可使用环保水性油墨等诸多优点，在我国的高档包装印刷领域已占据了一定市场，尤其在啤酒标和软包烟标印刷中更是具有很大优势。但与胶印和凹印工艺相比，柔印也存在着一些缺点，如印版变形量大，这些在印刷操作中具体表现为套印不准和糊版等故障。
套印不准
⒈张力控制
在印刷过程中，由于张力不稳定，容易出现大量废品，所以纸带的张力要严格控制好。一般在机器的放卷和收卷处都分别有一个磁粉张力控制器和一个张力驱动辊，并且都有张力显示。因为纸带有接头，每次接头过来，张力总会有波动，可以提前打规，减少废品量。如果要更换印刷活件，若新换上的纸带较宽些，常常会由于前面窄一点的纸带对张力驱动辊的磨损，换上的宽纸使胶辊的中部形成架桥效应，纸带的两边紧，中间松，对后面的分切机组造成很大影响，这时需要更换胶辊，或将旧的胶辊表面磨平也可继续使用。另外气涨心轴用久了也会变松，要勤检查。
⒉保证印版精度，装版对位准确
在装版时，一般都是采用手工贴版，需要很高的熟练程度，必须让印版的边线与印版滚筒的轴线平行，且接缝处要尽量紧密，否则在接缝处易引起版滚跳动。若单独更换某块印版，常常由于制版时间不同而使印版套印不准，这时可用电吹风将版吹软，再将其纵向或横向拉伸，与其他印版保持一致。
⒊定速印刷
对于大批量的印件，在工艺比较成熟的条件下，宜采取定速印刷，这样干燥装置对纸张变形的影响就比较一致，容易套印。其他诸如油墨粘度、张力设定等工艺参数都可有一固定范围，使质量可以得到保证。
糊版
在高档包装产品的设计中，为了追求工艺上的防伪性，往往设计一些细线条和细小文字，还有大面积的实地色突出深厚的内涵，如红河８８软包、白沙珍品软包等。为了让实地墨色厚实，需要两个实地版叠印，这样在镂空的细小文字处就易出现糊版。解决这类糊版问题的方法有：
⒈纸张上纸毛太多
先检查静电除尘装置是否工作正常，若太脏应及时清洗干净。可用微湿的抹布将纸卷侧面的纸粉擦掉，还可用一尼龙丝袜装满碎布，放在放卷处的合适位置，将纸带上的纸毛擦掉。
⒉印刷压力过大
因为柔印机所用的树脂版容易变形，所以开机时若压力太大，会使图文部分面积扩大，镂空的文字笔画更细，容易糊版，刚开机时，要从第一色组开始依次合压，同时慢车观察图文的压力情况，直到调整合适后再开机，另外用久的印版会老化膨胀，镂空的细线条也会变细，这时就需要更换印版。
⒊套印不准引起的糊版
两个满版的实地或网线版叠印，如果它们套印有轻微偏差，那么在印品上的细线条部分就会出现糊版的感觉。一般都是将底色版上的镂空部分适当放大，降低套印难度。
总之，了解了柔性版印刷工艺的特点及正确的操作方法，就能最大限度的提高产品质量和生产效率，避免过多的废品出现。