关于“中国历史上第一大圣人”（钱穆语）、儒学开山祖师孔子（公元前551年—前479年）得名的原因，西汉史学家司马迁在《史记·孔子世家》中有着明确的记载，孔子“生而首上圩顶，故因名曰丘云。字仲尼，姓孔氏”[1]。也就是说，孔子之所以名丘、字仲尼，是因为“生而首上圩顶”，即得名于出生后的生理特征（头部）。这是第一种说法。清人陈立相信此说，“是孔子首形象邱，四方高，中下，故名邱焉”（《白虎通疏证·圣人》）。史学家钱穆在旧作《孔子传略》中，即持此说[2]。
但《孔子世家》另外还有一句“（叔梁纥、颜征在）祷于尼丘得孔子”，似乎深有“微言大义”可挖。钱穆认为，孔子之所以名丘、字仲尼，“因孔子父母祷于尼丘山而得生，故以为名”[3]（匡亚明亦持此论[4]），一改旧作《孔子传略》所持观点。其实此说早见于《孔子家语·本姓解》，“征在既往，庙见，以夫之年大，惧不时有男（一作勇），而私祷尼丘山以祈焉。生孔子，故名丘字仲尼”。这可以算是第二种说法。
之所以前后互异，钱穆在《读崔述〈洙泗考信录〉》中有过交代。对于孔子得名的两种说法，崔述是一并否定，“此说似因孔子之名字而附会之者，不足信。且既谓之因于祷，又谓之因于首，司马氏已自无定见矣”。钱穆认为，崔述“疑古太猛”，固然不足取；至于孔子究竟得名于哪一说，尚“不可无证而轻断”[5]。言下之意，既然司马迁已博采众说而“两存之”，我钱穆也只好师法司马迁；所以，旧作《孔子传略》、新作《孔子传》说法互异，实是出于迫不得已，姑且“两存其说”，以谨慎起见。
按照周朝命名取字的规范（名、字意义互相关联），第二说似乎也站得住脚。鲁国既然有尼丘山（在山东曲阜东南），并且孔子的父母在儿子出生前也确实“祷于尼丘”，因此完全有可能以“尼丘”来为孔子取字命名。而且需要注意的是，在先秦之时，当名、字并言时，都是先字后名（如叔梁纥）。关于此点，王引之在《春秋名字解诂》（《经义述闻》卷二二、二三）中一再指出。孔子字仲尼、名丘，似乎也属于该种类型。但此说有所不安的是，它既不符合古人“不以山川”（《左传》桓公六年、《礼记·曲礼上》）命名的原则[6]，也不符合古人“男子二十，冠而字”（《礼记·曲礼上》）的古礼。之所以不以国（名）、日月、山川等命名，是“为后难讳也”（《礼记·曲礼上》郑玄注），即尽量避免出现不必要的麻烦[7]。根据《孔子世家》记载，孔子“生而叔梁纥死”（《孔子世家》索隐引《孔子家语》说在三岁，研究者多信此说[8]）。也就是说，远在孔子行冠礼、取字之前，叔梁纥就已经去世了。仔细检点《孔子世家》，司马迁撰写的原文是“（叔梁）纥与颜氏女野合而生孔子，祷于尼丘得孔子”，并未明言孔子得名于“尼丘山”。因此，说孔子得名于“尼丘山”，当是后人对《孔子世家》原文的“误读”。而且今本《孔子家语·本姓解》说孔子之兄孟皮一字伯尼，这也是不可忽视的一条材料。
《史记》向以“信史”著称，在没有更新、更早、更可靠的材料出现之前，我们只好相信司马迁的第一种说法；即，孔子得名于“生而首上圩顶”。
看来，问题似乎至此可以做一个了结了，其实不然。“生而首上圩顶”究竟是什么含义，从古到今，人们几乎都没有什么异议——因为他们沿袭的都是唐人司马贞的说法。司马贞是这样解释“生而首上圩顶”的，“圩音乌。顶音鼎。圩顶言顶上窳也，故孔子顶如反宇。反宇者，若屋宇之反，中低而四傍高也。”[9]司马贞的这一说法，应当来源于纬书。《白虎通义·圣人》说“圣人皆有异表”，并引《礼纬·含文嘉》（《古微书》录有该篇）说：“孔子反宇，是谓尼甫（一作尼邱[10]）。德泽所兴，藏元通流。圣人所以能独见前睹，与神通精者，盖皆天所生也。”今人对此所做的解释，只是在司马贞的基础上稍微做了一点阐发。如《中国历代思想家传记汇诠》（先秦—两汉分册）说：“圩顶，圩音鸟，中低而四面高，顶，头顶。”[11]又如“历史人物传记译注”丛书《孔子》分册说：“圩（wei或yu）顶，即凹顶，指人的头顶中间低四周高。圩，本指洼田周围的堤埂。”[12]
如果说司马迁的这一记载是完全真实可靠的话，那么，孔子的头顶为什么“中间低四周高”、一如“屋宇之反”呢？对此，古人和今人都没有说清楚个中缘由。至于为什么没能说清楚，恐怕是他们没有结合生理学的有关知识进行解释。下面，本文就结合生理学的有关知识，尝试着做一“新解”。
生理学告诉我们，婴儿的头顶和成年人的头顶确实有所不同，即婴儿的头顶骨未合缝而成年人的头顶骨已然合缝。婴儿头顶前部中间骨头未合缝的地方，医学上叫“囟门”（fontanel），又叫“顶门”, 或“囟脑门”。关于婴儿的这一生理特征，古人不是没有认识。《说文解字·囟部》说：“囟，头会脑盖也。象形。”婴儿的囟门有前囟、后囟和侧囟三部分。婴儿出生时，前后两侧的囟门多已闭合。由两块顶骨和枕骨交接形成的三角形的空隙叫后囟，出生时也接近闭合或很小，一般最迟于生后6—8周闭合。位于头顶部由两额骨与两顶骨交接形成的菱形间隙叫前囟（用手摸上去软软的，没有骨头），出生时大小约1.5—2厘米（对边中点连线距离），生后数月随着头围的增大可稍微变大，六个月以后逐渐骨化而变小，多数在1—1.5岁闭合。婴儿出生时颅骨骨缝稍分开，约3—4个月时闭合。以上这些，是婴儿正常状态下的正常情况。当出现由于患有腹泻或频繁的呕吐而引起脱水或营养不良导致极度消瘦等情况时，婴儿的前囟往往是凹陷的，触摸时前囟平面明显低于周围颅骨；当婴儿患有脑炎、脑膜炎等疾病而引起颅内压增高时，则出现前囟饱满、隆起。
对照上述情形，我们可以猜测，孔子之所以“生而首上圩顶”，恐怕与他出生后数月内即患病有关，所以才会出现如上文所说的“由于患有腹泻或频繁的呕吐而引起脱水或营养不良导致极度消瘦等情况时，婴儿的前囟往往是凹陷的，触摸时前囟平面明显低于周围颅骨”。应当说，这一猜测在一定程度还是站得住脚的。如果说孔子出生后数月内就像其他新生儿一样正常，那么司马迁又何必特意书写一笔，说孔子“生而首上圩顶，故因名曰丘云”呢？《礼记·内则》说，子女生三月之末，“择日剪发为鬌，男角女羁，否则男左女右”；随后，“父执子之右手，咳而名之”。据此推测，当时的实际情形大约如下：孔子出生三月之后，在为他“剪发为鬌”时，才发现他的囟门大为殊异于正常新生儿（“首上圩顶”）；于是，叔梁纥“咳而名之”，“故因名曰丘”。“丘”本为一象形字（可由甲骨文与金文视之），并且恰好也有此义。《说文解字·丘部》说：“一曰四方高中央下为丘，象形。”再结合典籍所载春秋时人的名字，绝非仅有孔子这一成例。如晋成公之名“黑臀”（《国语·周语下》。按：“黑臀”当为胎记），鲁公子之名“友”（《论衡·诘术篇》），均属申繻所云“以名生为信”一类（《左传》桓公六年）[13]。附带补充的是，孔子因“生而首上圩顶”而得名，在后世成为一种典型。《后汉书·方术列传上·高获》说高获“为人尼首方面”，唐人李贤等人的注释说：“尼首，首象尼丘山，中下四方高也。”[14]注释因为泥于《春秋纬·文耀钩》“首类尼丘山，故以为名”，故而有“首象尼丘山”之语，但其所言“中下四方高也”却颇得个中蕴奥。
下面接着谈一谈孔子的字。关于孔子的字，这是一个没有多少疑义的问题。《史记·孔子世家》斩钉截铁地说孔子“字仲尼”。“仲尼”之“仲”，表示的是排行，因为孔子上有兄长“孟皮”（《孔子世家》索隐引《孔子家语》），系叔梁纥之妾所生（《孔子家语·本姓解》）；“仲尼”之“尼”，才是具有实际含义的字眼。《白虎通义·圣人》引《礼纬·含文嘉》说：“孔子反宇，是谓尼甫。”《白虎通疏证》的点校者说，《含文嘉》“尼甫”作“尼邱”[15]；但查阅《古微书》卷十七所引《含文嘉》，既不作“尼甫”，也不作“尼邱”，而是作“甫邱”[16]。对于这三种异说，笔者更倾向于认同《白虎通义》的说法，即原文当作“尼甫”，因为《白虎通义》撰集的年代正是纬书风行的时代，故其说更为真实可靠。“甫”与“父”可通假，古书多见其例[17]，或以为表美称。“尼邱”一作“甫邱”，似乎透露出这样一个“信息”，即“尼”字一如“甫”字，并非关键字眼。其兄孟皮一字伯尼，亦为旁证（《孔子家语·本姓解》）。质言之，孔子名丘字仲尼，最关键的字眼还是一个“丘”字。
如果这一猜测不误，还可以继续推测婴儿孔子患病的原因。根据《史记·孔子世家》和《孔子家语》等书记载，孔子的父母（叔梁纥、颜征在）是“野合而生孔子”。所谓“野合”，根据司马贞“索隐”的说法，“盖谓梁纥老而征在少，非当壮室初笄之礼，故云野合，谓不合礼仪”；张守节“正义”进一步推断，叔梁纥与颜征在结婚时已年过六十四岁（“婚过六十四矣”）[18]。就优生学而言，这确实不是理想的婚配和生育，可能在一定程度上影响了孔子的体质，所以孔子在出生后出现腹泻或频繁的呕吐而引起脱水也不是没有可能。
并且更加不幸的是，在孔子大约一至三岁时，叔梁纥就去世了（见前文所述），使孔子成了名副其实的孤儿。对于孤儿寡母的孔子母子，这一变故除了感情上的打击外，另一重大打击便在经济方面，使孔家家道败落。叔梁纥去世后，颜征在携孔子移居鲁都曲阜阙里。关于这一段生活，匡亚明用了“家境贫寒”、“幼年在贫贱中成长”数语[19]，其言中肯。所以，作为新生儿或幼儿的孔子，出现营养不良而导致极度消瘦也不是没有可能。
因此，或许就是因为以上两种可能，致使新生儿或幼儿孔子的囟门凹陷，所以才有了孔子“生而首上圩顶，故因名曰丘云”的记载。至于孔子因罹患疾病或因营养不良而得名的这一“个中奥秘”，古人以及后来的研究者，尚未认识到。
总之，孔子之所以名丘、字仲尼，不是因为其父母“祷于尼丘得孔子”，而是因为孔子“生而首上圩顶”的生理特征。