随着教育体制改革逐渐深入，政府管理权力下放，高校成为自我约束、自我发展的独立法人，高校依法多渠道筹集经费的格局已经形成，高校财务管理较以前有了很大的自由。但高校的许多财务管理理念和手段是在计划经济体制下形成的，明显不能适应当前财政改革和高校财务工作的要求。目前高校财务管理工作相应的也存在着一些突出的问题，如目前在教育经费的管理和使用上仍然存在收支不实、截留收入、挤占挪用专项经费、设置账外账、债权债务长期不清理等问题。
一、存在问题及原因：
1、高校财务管理缺乏系统的控制监督机制。
目前，我国高校制度突出缺陷是“所有者缺位”。高等教育出资人主要是国家，国家是高校净资产的终极所有者，但国家并不要求偿还其提供的资产，也不要求分享经济上的利益，而是将这些资产交给高校自行经营和管理。对于高等学校而言，国家对其投资，但并不对其进行财务管理，造成投资的所有者缺位；高校管理者独立行使法人权力，但并不承担具体的受托责任，导致资源缺乏有效的管理和监督。高校会计不进行成本核算，不计算损益，财务管理的弹性相当大，在很大程度上弱化了高校财务管理的功能。
2、预算编制不完善,预算执行弹性较大。
一些高校没有树立起科学的预算管理理念，表现为：重预算编制、轻预算执行，故预算常会失控；在实际工作中，存在各部门预算和高校内部预算两张皮，编制预算与执行预算两张皮；重视预算内资金、轻预算外管理，预算项目没有尽可能细化，预算支出没有科学的定额和标准；预算编制时间过短，预算编制过程透明度不高等原因造成了部门预算不准确，预算内容不全面，有时编制的部门预算没有客观反映学校财务收支全貌和体现学校的工作重点和发展方向；在资金使用上，有些校领导未按预算安排使用资金，而是随意开口子、批条子，造成预算变更频繁，预算执行刚性不强；高校缺失对“债务预算”的管理规定, 导致目前高校预算和会计核算决算之间有很大差别，使高校的举债问题难以处理, 预算编制基础面临挑战。
3、高校财务管理缺乏风险意识。
由于学校没有建立有效的教育成本分担机制，学校有限的教育经费很难满足提高教学质量、改善教职工生活福利的需要，各部门吃学校大锅饭现象十分严重，使本已十分紧缺的资金却要超负荷承担学校的各项开支，造成学校难以承受经费负担。学校为了搞好基本建设，非常艰难地通过多种渠道筹措建设资金，利用银行贷款改善办学条件，解决了事业发展过程中的实际困难。但是，部分高校对贷款认识不够，认为“学校是国家的，银行也是国家的，银行的钱不要白不要”，盲目贷款征地、上项目，其规模大大超过了经济承受能力，潜伏了高校发展的隐患。
4、 财务管理观念淡薄，不少教职工漠不关心，只有财务人员孤军奋战。由于长期以来的观念，不少教职工意识不到学校财务状况与自己息息相关，而是认为财务只是财务部门的事，与他人无关，导致财务工作得不到有效的理解和执行。笔者作为高校财务中的一员，就曾多次感受到这样的误解：笔者在要求各系部催收学生欠费时，常听到有人私下议论：“这是为他们财务收钱，不管！”；涉及日常经费开支时，部分工作人员支出随意，财务严格要求时，则动辄向领导告状，致使财务难以进行有效的核算及控制。
5、科研经费管理不够规范。高校科研经费的来源渠道广、课题名目繁多,特别是随着横向科研收入的大幅增加，高校科研经费的管理出现了各种各样的问题，很多教师错误地认为，科研经费是自己争取来的，自己想怎么用就怎么用，不用遵守学校的财务制度与规定；学校也因为鼓励教师多争取科研经费，忽视了科研经费的管理，致使科研资金和资产流失严重，有的科研人员想方设法将科研经费转为私人财产，将个人及家庭生活开支列为科研费用，或以和实际不符的票据报销套取现金；有的科研人员校外承接项目，资金不进入学校，逃避上缴管理费，避开学校对资金的管理,却利用学校的实验室、实验设备、实验试剂等进行实验，学校得不到相应的补偿，科研经费的使用没有发挥应有的作用。
二、加强高校财务管理的主要对策
市场经济条件下，国家赋予了高校财务自主权，意味着高校已无大锅饭可吃，只有充分发挥财务管理的杠杆作用，使有限的资金收到更佳的效益，才能在教育市场的竞争中立于不败之地。要切实做好高校财务管理工作,提高财务管理水平,必须采取以下几方面措施。
1、提高财会人员业务素质，建立财务管理绩效全面评价体系。
高校财务管理的加强首先要财务人员学习新知识、更新观念、优化知识结构，提高解决财务问题的能力；加强财务管理人员国家有关财经政策及会计报表知识培训，更好地利用会计信息，提高科学决策水平。面对高校经济成份多样化、利益主体多元化的实际情况，高校财务活动协调各方面关系日益突出，财务人员必须加强沟通协调能力培养,这对于执行财经纪律、化解矛盾、提高财务管理水平、改善环境具有非常重要的意义。高校要制定和完善财务评价制度，建立财务管理体系，提高财务分析（信息处理）能力。财务分析评价是运用事业计划、会计报表及其他有关资料对高校一定时期内的财务收支状况进行系统剖析、比较和评价。通过对高校财务收支情况的分析,掌握学校的收入构成，支出结构及各项收支的增减变化情况；通过对预算执行情况的分析，促进和引导学校的各项工作，起到“晴雨表”的作用；通过财务状况的分析，利于科学决策，统筹调度，合理运用资金；通过办学效益比较分析，为主管部门正确把握高等教育发展现状和未来趋势，为制定决策提供依据。
2、强化预算管理，提高预算管理水平。
预算是整个学校财务工作的核心，是高校进行经济活动的依据，预算管理的好坏直接影响到高校的财务状况和持续发展能力。因此，为了保证高校预算的良好执行，必须在高校内部管理中普及预算管理的基本知识，重新定义高校预算的概念及内涵, 制定统一的预算编制原则和方法，把高校的全部收支作为预算统一管理的对象，完全打破原有的管理模式，选择科学的预算编制方法按照新的预算管理要求，在编制支出预算时，要量入为出，统筹兼顾。编制预算时，应从学校的全局出发，既要考虑学校事业发展和建设的需要，也要考虑到学校财力的可能，把学校的全部可动用资金包括财政事业拨款和学校自筹资金，按一定的程序和方式进行综合平衡，编制年度财务收支计划，全面反映学校整体财务收支情况和总体规模。首先保证人员经费，在公用经费使用中要向教学和科研倾斜，压缩行政性开支；对于自筹基建项目要慎重，根据学校财力情况予以安排；必须配合国库集中支付制度和财政资金绩效评价的要求,强化项目管理,尤其是重大项目的预算管理,要细化项目支出预算,新建项目主要体现在提高教育手段，改善办学条件，保证后勤生活和学校运转的必要设施；另外完善预算的调整制度，从调整时间、方法、程序等作相应的规定。学校预算一经核定, 必须自求平衡, 不允许搞赤字预算。建立预算的跟踪、分析和评价制度，优化资金的支出结构，确保资金正确使用，提高资金的使用效益，使预算更趋公平、合理、透明。