债券回购分为“以券融资”和“以资融券”两种方式。
所谓“以券融资”，就是债券持有者在卖出一笔债券的同时，与买方约定于某一到七日再以事先约定的价格将该笔债券购回，并付一定利息。假如机构投资者选择“三天国债回购”的融资方式，交易所的交易系统将在三天后自动从其帐户里划出本金和三天利息。这就是一次完整的债券回购了，简单点说就是需要钱的人拿债券作短期抵押向有钱人借钱。“以资融券”则是一个逆过程。
进行债券回购，三方面各取所需；融资方在短时间内获得大笔资金的使用权，又没有失去其债权；而资金的提供方，一般是金融机构或某些企业，通过大笔资金进行短期的拆借获取利息；而交易所则从融资方赚取佣金和手续费。
债券回购以年利率作为报价单位，一般在2%上下浮动。由于购回期限遇节假日顺延而利息不边，因此，周五的利率要比周一高，而逢年过节长假前的利率更高。
由于融资方必须与足额的债券作抵押，因此债券回购作为一种安全性高、收益稳定的投资品种，已成为一些机构对资金进行流动性管理的工具之一。但目前还不允许个人参与债券回购交易。