税收征管体制改革以来，征管水平提高很快，但征管职责划分、人员分工、相互协作等还有待进一步完善，必需的一些配套措施和外部环境还不够理想。
一、征管工作现存问题
1、纳税申报征收方式落后，办税服务水平低。目前纳税人大量采用的仍然是上门申报的方式。这有纳税人自身习惯的问题，但更主要的是相关改革步伐的滞后。先进的申报方式的具体实施办法迟迟不能出台，相应的技术难题尚未解决，申报工作的效率无法提高。
缴纳税款的结算方式还很落后。虽然改革目标是实行倒划税款入库的结算税款方式，但在实际中真正采用这种结算方式的纳税人极少，大多数纳税人仍先到税务局申报，取得税收缴款书，然后交到自己的开户银行，增加了不必要的纳税成本。
办税大厅建设走入误区，出现了盲目攀比。似乎投入资金越多，装修越豪华越好，忽视了同样重要的人员素质、服务措施等软环境建设。其实，办税大厅硬件建设应本着实用、便利的原则适可而止，将更多精力放在降低征税成本、优化服务上。
2、税收征管电算化水平落后。由于缺乏长远规划和统筹安排，税收征管电算化落后于税收征管改革的需要。在实际工作中，因为资金短缺、管理维护技术薄弱、组织实施力度欠缺等种种原因，征管模式变动在前，计算机开发在后，税收征管受软件制约严重，先进设备与落后的征管程序并存。由于未实现全国范围的征管联网，各地只能自己组织力量开发应用程序，在区域内通过实现信息共享。而一个成型、适用的征管系统往往要数千万元。这样的重复建设不仅造成人力、物力、财力和时间上的浪费，人为地增加税收成本，更重要的是区域性联网缺乏科学性和超前性。业务范围技术上的局限，无法站在更高的高度处理局部与整体、特殊与一般、短期征管需求和长期征管改革的矛盾。无法实现全面的信息数据共享，交叉稽核、联合控管难度很大。跨地区的经济行为容易形成税收征管的死角，对涉外税收的征管难题就更无法解决了。
计算机的应用，对税务人员素质提出了更高的要求。但目前的专业人才、技术力量严重不足，现有的干部队伍素质难以适应征管改革的需要，许多先进设备的功能未能得到充分开发和运用。甚至对现有的程序，也不能做到真正用好管好。计算机巨大潜能由于使用者的限制无法发挥出来，造成资源的浪费。这又再次说明，干部队伍的素质问题成为制约税收征管现代化的重要因素。
3、税务检查水平仍有待提高。“选案、检查、审议（核）、执行”四个环节，强化了监督制约机制，提高了税务稽查的水平。但四环节易被误解，造成缺乏分工协作，导致选案部门认为检查不力；检查部门认为审议多此一举；审议、执行部门又觉得本部门工作难度太大。
税务检查中很重要的选案环节仍然是依靠人工进行。人工选案只能依赖选案人员的业务素质、政策水平和实际经验，难以克服选案的随意和盲目性。这就影响了以后各环节的工作效率，从而影响整个检查工作的质量。征管电算化水平若无实质性的提高，就无法实现理想的微机自动选案的目标，税务检查的“人机结合”目标就会落空。
在执行环节，工作难度也很大。我国税收司法保卫体系的缺位使得税收征管法所赋予税务机关的各类税收保全措施和强制执行措施的权力难以真正行使。对个别大型企业的偷税、欠税案件的税收保全措施就很难执行到底。并且，在国地税分设后，地方政府出于自身利益对地税机关施加影响，税收的“强制性”在执行中就变了样。近年来金融机构的蓬勃发展、金融工具的多样化，为资金、财产转移提供了快捷的渠道，相应的立法步伐又没有跟上，更为执行工作增加了难度。
4、税法建设和执法体系有待完善。目前我国尚无税收基本法，大部分税收实体法也是“暂行条例”的形式。税务执法中许多具体问题的处理原则、方法依靠下发文件和补充规定，而不是正式的“修正案”，未能上升到法律高度。税收征管法中的许多征管措施也尚未颁布配套的具体的操作规程。
与法制建设滞后相伴的就是执法不严。税务执法必须体现公平、法治的原则。然而一些税务机关自身却存在着问题。一是对违反税收征管法的行为，尤其是偷税欠税的处罚不力，导致更多人抱着“法不责众”的侥幸心理铤而走险，扰乱了正常的税收征管秩序。二是执法口径不一致，违背了公平原则，影响征纳双方关系，削弱社会监督，诱发腐败行为，造成负面效应，影响税务机关形象。三是在税收执法程序上不谨慎，执法文书的使用不够规范，对行政复议、听证会、税务诉讼仍缺乏足够的重视。相伴执法不严的就是普遍低下的纳税意识和素质。纳税人法律意识淡薄，办税能力差，许多时候办理纳税事宜时不是先了解相关的税法规定，而是想“找人”、“托关系”，恶化了税收的社会环境。
5、涉外税收征管情况不尽人意。在税法建设上的涉外性不强。相对比较严密的个人所得税法的条款与相对落后的征管措施、手段并存，使得外籍个人所得税这一重要税源得不到高效的控管。同样，其他法律法规也缺乏对涉外税收征管的足够的关注。如房产税的征管仍沿用五十年代的条文，征管效率可想而知。
在具体的工作中，涉外税收征管也严重滞后。我国尚未出版官方的税法的外语译本，基层单位只能自己组织力量进行翻译，或是参考税收中介机构的译本，难免影响税法的严肃性和规范性。日常征管工作中的大量通知、公告、文书等，也都未考虑到涉外的特殊性。
税务干部的素质总体偏低。涉外税收知识的欠缺，对相关国家税制缺乏了解，外语水平低下等都成为加强涉外税收征管工作的严重阻碍。
二、改进税收征管工作对策
今后应从我国国情出发，解决工作暴露出来的这些问题，完善各项税收征管工作。
（一）优化机构、转换职能、加强协作。一方面，优化机构设置和职能划分，彻底改变“大税收、小征管、少服务”的旧体制格局。在强化稽查等业务机构的同时，加强咨询服务、信息情报、法制监督、协调仲裁等机构的建设。为适应职能转化的要求，机构设置可由四部分组成：领导决策中心、征管执行系统、信息情报系统和人事监察系统。其中，征管执行系统相应分为五个系列：（1）征收系列：受理纳税申报、纳税资料的稽核、税款征收和各项违章处罚款项的收缴。（2）服务系列：负责税务登记、发票管理、纳税咨询、受理各项咨询等服务性工作。（3）稽查系列：制定稽查计划、选案、纳税检查、涉税案件分析等。（4）审理系列：负责稽查案件审理、应纳税额核定、受理减免税申请、税款缓缴审核、涉税案件的移送等。（5）执行系列：对未按时申报的纳税人进行催报和应纳税款、滞纳金及罚款的催缴，对查处的各种违章违法案件的文书送达，执行税收保全和强制执行措施，对漏管户的检查处罚等。
另一方面，各系列间应实现信息共享，沟通协作、互相监督。征管各系列应成为相互联系的有机整体，不仅要加强对纳税人信息的全面了解，更要加强相互之间信息的联系、沟通和反馈。因此，首先要在更高层次上建立一个科学、完善、灵敏的信息情报系统，使各系列都能充分利用好征管资料。其次，要加强各系列的协作。在保证必要的独立性的基础上，进行合理分工，相互制约。否则，权力过分集中所产生的弊端将不亚于专管员制度。