自改革开放以来，伴随着商业零售企业的逐渐崛起，一些增值税问题逐渐浮出水面，在一定程度上困扰着税企双方。
一、存在的主要问题及分析
（一）对假发票的识别防范能力弱
目前，商业零售企业对假发票防不胜防，识别假发票的能力是非常弱的。究其原因，主要有以下几个方面：
1.识别真伪发票的信息化技术建设尚未运用到所有发票管理之中。
随着经济的发展，发票的使用、开具数量也与日俱增。如何管理好大批量的发票，识别、鉴定发票真伪，已成为税收实践中的一个非常重要的问题。目前，一些不法分子在高额利润的驱使下，制售假发票的犯罪行为不仅屡禁不止，而且其手段和技术也不断升级。而税务机关除对防伪税控机开具的专用发票，已能通过发票认证、交叉稽核的方式有效识别真伪以外，税企双方对手工专用发票、普通电脑票、普通发票还是采用原始的眼看、手摸的方式加以鉴别，因而很难收到成效。
2.普通发票格式、版本不统一，增加了识别防范假发票的难度。
目前，国家仅对增值税专用发票的格式、防伪标识进行了规范，普通发票由各地税务机关自行管理，这就造成了普通发票的多种多样。从各地普通发票种类来说，有的地方统称为工商业销售发票，有的地方又将其细分为工业企业销售发票、商业企业销售发票等。除此之外，普通发票的格式也呈现多样化，为此导致纳税人不能全面掌握各地的普通发票信息，因而无法对外地发票进行判断，加大了发票管理难度。
3.商业零售企业月收取发票量大，涉及面广，客观上也加大了对假发票的防范难度。
与工业企业相比，商业零售企业经营品种繁杂，面对的供应商面广户多，交易次数频繁。在对深圳商业零售企业的了解过程中发现，一家月销售额两千万左右的超市，负责为其供货的供应商通常有两至三千家，每月收取的发票达三四千份，平均每天会收到上百张发票。面对这上千家供应商所提供的发票要一一加以识别，工作量大，从而给商业企业对假发票的防范工作带来一定难度。
（二）租赁经营场地难取得水电费专用发票，从而无法抵扣税款
根据增值税税款抵扣的规定，企业只有在取得增值税专用发票、海关完税凭证或可抵扣的收购发票的情况下才能抵扣进项税金。与传统的国有、私营商业企业通常是以自有房产进行经营不同，目前的商业零售企业通常是租赁场地经营。由于经营场所所处的大厦在自来水公司和电业局通常只有一个统一的计费户头，因而商业零售企业往往只能通过大厦的物业公司代付水电费，自来水公司和电业局则分别根据该大厦的总水表和总电表的抄表数计算收取水电费后，向大厦的物业公司开具发票。由于物业公司不是增值税一般纳税人，因而不能开具增值税专用发票给商业零售企业。水电费是商业零售企业经营费用的大头，商业零售企业经营消耗了水电，并支付了水电费，只是由于收取水电方不具备一般纳税人资格而无法取得水电费专用发票，不能抵扣相应的进项税额，每年就需多承担几万元乃至上百万元的税收负担，这是非常不合理的，也极大的阻碍了商业零售企业的发展。
（三）无法划分正常损失与非正常损失
根据增值税暂行条例的规定：纳税人发生的非正常损失的购进货物的进项税额不得从销项税额中抵扣，而正常损失所购进货物的进项税可以从销项税额中抵扣。根据条例可知，企业的购进货物发生的损失是否可抵扣，是建立在是否为正常损失的基础上的。而在实际工作中，商业零售企业客观上往往无法划分正常与非正常损失，因而其全部损失的进项税金均不能从销项税额中抵扣，导致税负增加。究其原因，主要为：
1.税法规定不明确。
对不得从销项税额中抵扣进项税额的非正常损失，税法规定主要包括（1）自然灾害损失；（2）因管理不善造成的货物被盗窃、发生霉烂变质损失；（3）其他非正常损失。其所指的第三点“其他非正常损失”包括的范围广泛，税法对此并没有一些具体的判断标准，企业判断时缺乏可操作性。
2.大规模、开架自选式的经营方式，造成商业零售企业难以划分正常与非正常损失。
现代化的大型商品零售企业，特别是一些大型超市，经营商品品种多达一万余种，采取开架自选方式销售，在经营过程中不可避免地存在各种损失。这种损失既有正常损失，如商品运输过程中发生的合理损耗、商品上架前整理时或大包装整理为小包装时造成的商品破损损失，商品的自然损耗（如有保质期的商品在保质期前未售出的损失）、顾客挑选商品过程中造成的商品破损和商品包装破损导致的商品损失、顾客试吃散装即食食品造成的商品数量或重量的减少导致的商品损失等正常损失；也会有部分非正常损失，主要是商品被盗。但是商业零售企业在经营过程中对此无法一一统计，只能通过定期盘点来确认，而盘点也只能确认总的损失，无法一一划分正常与非正常损失，因而其全部损失的进项税额均不能抵扣，税收负担明显增加。