一、东土耳其斯坦还是东突厥斯坦
一般中文媒体把新疆独立分子要在新疆建立的独立国称作“东土耳其斯坦共和国”。其实这是一种误译，土耳其人使人联想到土耳其共和国。事实上，土耳其和“土耳其斯坦”在地理上不是完全相连的两个地方。将Turkestan译成土耳其斯坦是错误的，正确的译法是突厥斯坦。
有学者考证指出，突厥是历史上的一个游牧民族，曾在中亚一带建立了东西两个突厥汗国。东突厥被维吾尔族的祖先回纥人所灭。西突厥被唐朝所灭，突厥人自此失去了发展成为当代民族的历史机会。西突厥的两个部落西迁到小亚细亚半岛定居，他们的后代建立了辉煌一时的奥斯曼伊斯兰帝国。第一次世界大战后，凯末尔在帝国的废墟上建立了土耳其共和国。
从历史资料不难看出，突厥只是古代中世纪的一个部落或说部族，过去突厥人统治过的许多部落，今天形成许多不同的民族，分属不同的国家，突厥本身并没有发展成为近代民族。今天除了土耳其自称为TURK（汉文习惯译作土耳其民族，土耳其一词近代译自TUEKEY，英文中的这个词从TURK转写而来）以外，学术界只把使用阿尔泰语系或突厥语族的各民族，概括为地称为“突厥斯坦诸民族”，这些民族在我国有维吾尔，哈萨克，乌孜别克，柯尔克孜等民族，国外有阿塞拜疆，巴什基尔，土耳其，雅库特以及与国内相通的一些跨境民族。与突厥相关的突厥斯坦是一个地名，在锡尔河边，原来是泛指中亚古突厥人的发祥地。19世纪，欧洲地理学家为了叙述方便开始使用这个名词，并把所属的范围扩大―中亚的俄国部分成了西突厥斯坦，而中国新疆主要是南疆被称为东突厥斯坦，这是带有殖民主义色彩的地理名词。如果把东突厥斯坦译成土耳其斯坦就混淆了古代突厥民族和现代土耳其民族的族名。
事实上，有关突厥斯坦的地名来源和演变，与维吾尔族并没有直接的关联，突厥斯坦无非是突厥人曾经住过的地方，但并不能证明它与维吾尔人有多少联系。从族源上看，虽然维吾尔族族源复杂，与塞种人、匈奴人、羌人、汉人、或龟兹人、突厥人、蒙古人都有所关联,但其主体显然与突厥人无关。“突厥斯坦”作为术语充其量是一个地理名称而已，作为名称的确定也是19世纪的事，距离突厥人的国家被维吾尔族和汉族联军所灭亡，已经有好几百年。
中国当局从来不曾用“东突厥斯坦”来称呼新疆。
新疆自汉代起，称西域，满清乾隆皇帝更名为“新疆”，取“故土新归”之意，在历史上除了汉语的“西域”和“新疆”以外，就没有一个能概括天山南北大地的地名。
东突厥斯坦一词传入新疆并被一些知识分子所熟悉，大致是在上世纪二三十年代，它一开始就是同泛突厥主义一起渗入新疆。从此，地名成为一些人作为分裂国家的论据。学者马大正认为：极少数新疆分裂分子和宗教极端分子，受国际上宗教极端主义和民族沙文主义思潮的影响，将“东突厥斯坦”政治化，编造了一套所谓的“东突厥斯坦独立”的“思想理论体系”。到了二十世纪二十年代后，一个以分裂国家为核心内容的“东突厥斯坦独立”的思想体系的关键是要把新疆分裂出去。所谓的“新疆独立”论极力扭曲新疆的历史，杜撰“东突厥斯坦”自古以来就是一个独立的国家，从根本上否认新疆是中国的一部分这样一个基本的历史事实。事实上，新疆在公元前三世纪已成为中国领土的一部分。
二、两次出现的“东突厥斯坦共和国”
“东突厥斯坦共和国”曾两次出现，一次是在1933年11月12日，政府设在喀什，一次是三区革命初期，成立于1944年11月12日，政府设在伊宁。
新疆分裂运动利用的是泛伊斯兰，泛突厥主义思潮。这种思潮在十九世纪末到二十世纪初，在奥斯曼帝国泛漫。泛伊斯兰主义主张全世界穆斯林建立一个在奥斯曼帝国的“苏丹（帝王）兼哈里发（教主）统治下的大伊斯兰教国家，泛突厥主义主张在欧亚大陆建立一个以奥斯曼帝国为中心的大突厥人国家，将所有操突厥语族诸语言的民族统统囊括在里面。泛伊斯兰主义和泛突厥主义从上世纪初传入新疆，到民国初年略具规模。
1933年，新疆时局混乱，东突厥运动趁机在喀什建立了“东突厥斯坦共和国”，国旗定为“新月，星星，蓝色”，国徽定为“两颗麦穗为中心的新月和星星”，国家法律定为“可兰经为根据”。
这个政权建立后，首先设立宗教法庭，实行残酷的肉刑，作了贼的，要将手砍下来示众，如果有不带面纱的妇女要将面部遮住并当场鞭笞。由于宗教和历史的原因，尤其是历代统治阶级在新疆实行大民族主义，大土耳其主义者蛊惑人心的宣传在新疆有一定市场，所以，“东突厥斯坦共和国”也受到一些人的欢迎。东突厥斯坦共和国的出现有一定的国际背景。英国是主要的支持者，英国长期以来用新疆，中亚，南亚穆斯林聚居的民族宗教特点，将这些地区连接起来，建立一个大伊斯兰教国，其目的是保全殖民地印度，并抵制苏联社会主义国家的影响。19世纪60年代，英国曾在南疆扶植阿古柏政权，20世纪30年代又乘全疆动乱，策划南疆独立，其目的是扶植傀儡政府为分裂中国做准备。
东突厥斯坦伊斯兰共和国在3个月后破产，不难看出，东突厥斯坦已不再是一个地理名词，而是分裂主义的旗号。以此为开端，泛突厥主义，泛伊斯兰主义的思潮，总是危害新疆的社会发展和稳定。
第二次“东突厥斯坦共和国”则是发生在三区革命时期。三区指新疆的伊犁，塔城，阿尔泰地区。引发革命的导火线是盛世才，国民党强迫人民的“献马运动”。1944年8月，巩哈县牧民首先发动起义，11月12日，成立“东突厥斯坦共和国”，推举艾列汉・吐烈为政府主席。定国旗为绿底中镶黄色星月旗。45年1月5日这个政府还宣布“东突厥斯坦共和国”脱离中国而独立，宣扬反汉排汉。艾列汉・吐烈是一个狂热的泛伊斯兰主义者，所以，三区革命初期，当时临时政府领导权控制在宗教上层封建势力手中，直到阿合买提江掌握政权后才作了扭转。1945年10月，三区政府与国民党政府谈判，改组新疆省政府，成立联合政府。在成立联合政府的前夜，才取消“东突厥斯坦共和国”，改称新疆伊犁专区政府，并纠正三区革命初期的错误，抛弃“东突厥斯坦”的称号而恢复使用“新疆”这一名称。
三区革命也有国际背景，按中共教科书的说法，是在苏联支持和中共影响下的新疆各族人民反对盛世才和国民党反动统治的民族解放运动。苏联在三区革命初期也利用过分裂势力，事实上三区革命是在苏联驻伊宁领事馆领导下起事，但苏联的目标不是要新疆独立，只是为了利用新疆形势来迫使蒋介石早日签订保证它在东部，中部战略利益的《中苏友好同盟条约》，迫使国民政府承认外蒙古独立和苏联在东北的特权。当条约签订，它又开始扮演调停者角色。“莫斯科对新疆独立国家不予支持”。有学者认为，三区政府是反对国民党的，人民政府从团结的愿望出发，所以解放后，把这一事件定为三区革命，尽管伊宁伊斯兰政权在苏联压力下放弃了独立，但在三区，要求重新竖起当年绿色东突厥斯坦共和国的人大有人在。