目前，数码印刷在国内包装印刷行业的发展刚刚起步，还有许多问题需要解决。
市场不成熟，有待培育。国内个性化印刷、按需印刷市场虽然潜力巨大，但尚未形成足够大的规模和影响力。大多数人对于数码印刷在包装领域的未来还持观望态度，这在很大程度上阻碍数码印刷的发展。
设备价格昂贵，印刷质量有待提高。数码印刷机高达数十万乃至上百万美元的高昂价格，而其印刷质量与传统印刷品相比，却仍有一定的差距，还不能完全满足市场要求。
印后加工方面的配合不足。在包装印刷中经常会涉及到印后加工和处理问题，如上光、烫印、模切、压痕、糊盒等，但目前许多数码印刷机在这方面做得还不够完善。