实际的PLC应用系统往往比较复杂，复杂系统不仅需要的PLC输入／输出点数多，而且为了满足生产的需要，很多工业设备都需要设置多种不同的工作方式，常见的有手动和自动（连续、单周期、单步）等工作方式。
在设计这类具有多种工作方式的系统的程序时，经常采用以下的程序设计思路与步骤：
1.确定程序的总体结构
将系统的程序按工作方式和功能分成若干部份，如：公共程序、手动程序、自动程序等部份。手动程序和自动程序是不同时执行的，所以用跳转指令将它们分开，用工作方式的选择信号作为跳转的条件。如图5-54所示为一个典型的具有多种工作方式的系统的程序的总体结构。选择手动工作方式时X10为“1”状态，将跳过自动程序，执行公用程序和手动程序；选择自动工作方式时X10为“0”状态，将跳过手动程序，执行公用程序和自动程序。确定了系统程序的结构形式，然后分别对每一部份程序进行设计。
图5-54 复杂程序结构的一般形式
2.分别设计局部程序
公共程序和手动程序相对较为简单，一般采用经验设计法进行设计；自动程序相对比较复杂，对于顺序控制系统一般采用顺序控制设计法，先画出其自动工作过程的功能表图，再选择某种编程方式来设计梯形图程序。
3.程序的综合与调试
进一步理顺各部分程序之间的相互关系，并进行程序的调试。